Игра начинается с диалога, в котором доктор Стокман хвастается, что придумал нечто такое, что поможет поймать рептилий, которыми называет Черепашек Ниндзя. Роботы-ниндзя клана Фут имеют новую блестяще разработанную киберброню, что увеличивает физические способности: силу, выносливость и ловкость каждого бойца. Так что четверке черепах будет впервые трудно сражаться против этих противников. Но Хан говорит, чтобы Стокман не забывался, ибо он находится в присутствии Мастера Саки. Ороку Саки приказывает доктору в первую очередь доставить черепах любой ценой. Дальше камера переключается на Рафаэля и показывает его первую встречу с бойцом из клана Ноги. Удивлению не было предела, однако им удалось захватить Рафаэля. Параллельно тройка черепашек обсуждает вчерашний день и проблемы с электричеством. Они заметили пропажу своего брата, а тут еще подоспели какие-то головорезы. С этого момента начинается удивительное приключение. Вы окажетесь в канализации, где придется столкнуться с "плохими парнями". Выбирайтесь оттуда и отправляйтесь на поиски Рафаэля, но так, чтобы мастер Сплинтер ни о чем не догадался. Удачи!