Город Нью-Йорк оказался под контролем банд преступников, и Микеланджело больше не намерен это терпеть, пока остальные черепахи прохлаждаются в каналиции, обсуждая новую книгу Эйприл. Он обманом удирает от команды и пытается самостоятельно сражаться с врагами. Отличительная особенность этой сеерии в том, что Вы будете сражаться за разных черепах, проходя неповторимые уровни. Противостоять придется обычным людям с камнями и битами, доберманам, а также инопланетным существам. Зачистите американский город от врагов!