Деревня Скрытого Листа послала своих лучших бойцов на поиски Боруто, которого выкрали бойцы из Деревни Дождя, чтобы провести над ним ряд экспериментов и выяснить тайну его глаза. В этом приключении команда номер 7 снова в сборе, однако в самом начале будут доступны только три главных героя: Узумаки Наруто, Учиха Саске и Харуна Сакура. У каждого из них свои приемы и атаки, сильные и слабые стороны. Например, Наруто очень подвижен, умеет создавать клонов и пользоваться силой Девятихвостого, превращаясь в него. Сакура же менее сильная, однако может самоисцеляться, используя чакру. Единственный мужской представитель клана Учиха использует Чидори для атак издалека, а также Черную метку, "подаренную" когда-то Орочимару. Сай из Клана АНБУ и учитель Какаши заблокированы для начальных уровней. Чтобы поиграть за них, нужно обменять 25 и 45 голубых кристаллов соответственно. Их можно собрать, проходя миссии и побеждая врагов. Сай обладает свойством оживлять свои творения, нарисованные им с помощью чернил. А вот Какаси сенсей использует молнию и возможности Ширингана. Играть можно как одному, так и вдвоем, но миссия на все уровни одинакова: нужно активировать портал, зачистив территорию от врагов, количество которых указано в нижней части экрана. Для этого прыгайте, бегайте, атакуйте, уклоняйтесь, собирайте на месте поверженных врагов продукты и напитки, позволяющие восстановить как здоровье, так и запасы чакры. Пройдите все двадцать захватывающих и сложных уровней, чтобы спасти сына Наруто и Хинаты Хьюго!